Recentemente tenho pesquisado sobre softwares livres (claro!) para organização de referências bibliográficas na Web. O interesse desta pesquisa deu-se devido a dois pontos: o primeiro refere-se ao gerenciamento das publicações do PPGEE-UFMA na página Web e o segundo ponto é sobre um projeto de pesquisa que visa a disponibilização da produção técnico-científica da UFC. A página referente as publicações do site do PPGEE sempre foi uma grande dor de cabeça, pois cada ano eu recebia uma lista com todas as referências dos artigos e livros publicados e estas não possuiam uma formatação padrão, as vezes um título do artigo estava em negrito, outra vez em itálico, por exemplo. Pensei em desenvolver um sisteminha para cadastrar as referências, mas iria tomar meu tempo pos nao sou programador e talvez seria complicado demais já que eu teria que implementar algo que suportasse os padrões EndNote, BibTex, RIS, Open URL etc. Estes padrões são utilizados por periódicos de grandes editoras e organizações como ACM, IEEE, Elsevier etc. e como a Engenharia Elétrica geralmente publica nestes periódicos seria fácil gerenciar, pois basta copiar o esquema de metadados e colar no formulário do sistema e assim eu teria já importado a referência sem ter a necessidade de digitar campo por campo. Foi então que eu encontrei uma ferramenta interessante chamada Aigaion que permite gerenciar bibliografias e possui suporte aos formatos citados acima. Então pensei em utilizar no site do PPGEE customizando o layout para a página de publicações, mas acabei desistindo de mexer no HTML e CSS, pois o Aigaion não faz uso dos padrões Web, o código é muito sujo e confuso o que dificulta a adaptação visual. Já no projeto da UFC, esta ferramenta se encaixa perfeitamente e o interessante que pode-se inclusive adicionar o documento (.pdf, .html) à referência, permitindo assim uma espécie de repositório e uma base de referências, ideal para criação de banco de teses e dissertações e que por sinal é muito melhor que o TEDE criado pelo IBICT. Já instalei em um servidor local e o nosso bolsista já começou a manusear a ferramenta e em breve estaremos disponibilizando na Web.
Voltando aos softwares para referências, quando estava pesquisando pensei que poderia ser desenvolvido uma ferramentas com suporte a todos estes formatos de metadados utilizando já os recursos da Web 2.0 (a moda do momento), uma espécie de del.icio.us para bibliografias. Varrendo a Web, acabei encontrando esta ferramentas, a BibSonomy. Esta ferramenta foi criada pelo Knowledge & Data Engineering Group da University of Kassel, Alemanha e era destinada inicialmente aos pesquisadores organizar e compartilhar lista de favoritos e bibliografias e hoje está disponível para todos. Este recurso é muito interessante, basta criar uma conta de usuário que rapidamente pode-se postar endereços de artigos disponíveis na Web, importar e exportar BibTex, RDF, HTML, EndNote e muitos outros formatos. Eu particulamente ainda não explorei a ferramenta, mas a idéia é a mesmo do del.icio.us que permite “etiquetar” as referências, assinar os feeds e etc. Na parte de “etiquetar” as tags são bem úteis pois o usuário pode atribuir os termos de acordo com o conteúdo dos artigos, tomando com base as palavras-chave, embora as folksonomias são geralmente feitas por termos que não são compostos, recursos com Youtube e del.icio.us não permite adicionar por exemplo o termo Automação de Bibliotecas, já o Flickr basta colocar o termo entre aspas. O BibSonomy é mais uma forma de criar, compartilhar conteúdos, formando assim uma rede social voltada a referências bibliográficas e mais uma vez parabéns a computação por criar ferramentas intuitivas. Ah ia esquecendo, não existe nenhum bibliotecário na equipe do projeto, claro! pois muitos destes profissionais estão preocupados apenas em perpetuar suas práticas clássicas de indexação manual e o pior que aqui no Brasil muitos professores ficam afirmando que os softwares sociais distorcem os conceitos da nossa área.
PS: Links de outras ferramentas encontradas

Olá Roosewelt,
Sou professora do curso de Ciências da Informação e Documentação da USP de Ribeirão Preto. Tenho atuado na área de organização da informação e na de informática documentária.
Gostaria de saber mais sobre a afirmação de professores de que os softwares sociais deturpariam a área. Você se refere à idéia de que isto atrapalha a competitividade?
Se é isso, não concordo. Pesquiso e trabalho com o software Microisis e percebo como estas coisas precisam ser desmistificadas.
Como faço para pegar sua resposta? Espero que vá para o meu e-mail.
Estou procurando um software equivalente ao End Note no Linux. Você me indicaria qual?
Olá Valerio, bem não conheço nenhuma ferramenta para ambiente Linux, apenas estas citadas e são baseadas na Web, vc pode configurá-las em seu PC. Dei uma pesquisada e encontrei algumas que também são baseadas na Web, veja: http://www.google.com/search?hl=pt-BR&q=EndNote+%2B+Linux&btnG=Pesquisa+Google&lr=
Não tive tempo de instalá-las, mas parece ser interessante. Abraços.